Sejarah gereja diasakan oleh Mubaligh Mill Hill yang datang ke Penampang pada tahun 1886. Para mubaligh yang diketuai oleh Father Alexander Prenger, menubuhkan sebuah pangkalan di Kampung Inobong di mana sebuah gereja yang kini dikenali sebagai Gereja Sacred Heart berdiri. Para mubaligh tersebut kemudiannya memutuskan untuk menubuhkan pangkalan baru di Kg. Dabak, Penampang, yang lebih dekat dengan laut, sungai yang dikenali sebagai sungai Moyog, dan terletak di dataran bersawah padi yang turut mempunyai bukit rendah yang strategik dan sesuai untuk pembinaan gereja. Lokasi ini agak sesuai kerana penduduk tempatan yang menggunakan sungai untuk pengangkutan dari pesisir pantai menuju ke pedalaman akan turun di Kasigui yang ketika itu merupakan satu-satunya pekan di Daerah Penampang.

Pada tahun 1890, Father Rientjes tiba di Penampang dari Sandakan untuk membantu Father Prenger dan ditugaskan untuk menjaga Misi Penampang. Pada tahun yang sama, bangunan kayu untuk gereja Penampang yang pertama mula dibina. Pada Julai 1890, Father Prenger dipanggil semula untuk mengajar di Kolej Mill Hill. Father Rientjes ditinggalkan sendirian. Beliau tinggal di Penampang untuk bekerja dalam kalangan penduduk di Penampang dan melawat Inobong pada setiap hari Ahad berselang dua minggu. Selepas kematian kedua-dua Father Prenger dan Father Rientjes, mubaligh lain menjalankan pendakwahan di Misi Penampang.

Pada awal 1920-an, jumlah penganut Katolik di Penampang bertambah. Gereja kecil itu tidak lagi dapat menampung jumlah penganut Katolik yang semakin bertambah. Pada Februari 1922, Gereja Penampang telah dipanjangkan sebanyak 33 kaki. Bilangan kanak-kanak yang menghadiri sekolah Ahad juga meningkat. Terdapat empat sekolah di Penampang dan kerja-kerja Misi di Penampang meningkat, manakala bilangan penganut Katolik juga meningkat apabila semakin banyak stesen luar kawasan dibuka.

Menjelang awal 1930-an, pembinaan gereja batu dimulakan oleh Father Ogos Wachter. Seawal April 1929, Father Wachter sudah mempunyai niat untuk membina gereja ini. Batu asas untuk gereja baharu itu diletakkan semasa upacara khas pada 29 September 1936, iaitu Perayaan St. Michael. Father Wachter telah menjemput Saudara Aegidius Leiter, pakar pembina, untuk bertanggungjawab ke atas pembinaan gereja. Walau bagaimanapun, pembinaan telah ditangguhkan semasa Perang Dunia Kedua hanya untuk disambung semula dan siap pada tahun 1947. [2] [1] [3]